Ein Geschlecht unter dem Namen Scalchusen wurde am 18. Oktober 1144 zum ersten Mal in einer Urkunde des Bischofs Embrico von Würzburg erwähnt. Der Ortsname Schalkhausen bedeutet wahrscheinlich zu den Häusern der Unfreien. Vorhandenen Spuren lassen vermuten, dass schon um das Jahr 1000 eine Turmhügelburg existierte. Bereits im 12. Jahrhundert gab es eine Wasserburg, von der noch die Rundanlage mit Wassergraben erhalten ist.

Die Herren von Schalkhausen, die sich später nach ihrer Höhenburg Herren von Dornberg nannten, waren als Vögte über das Gumbertusstift in Ansbach eingesetzt. Ihre Herrschaft endete 1288 mit dem Aussterben der männlichen Linie. Der Besitz ging durch Erbschaft über die Töchter an die Grafen von Oettingen. Von diesen kauften die Zollern - die späteren Markgrafen von Brandenburg-Ansbach - Stift und Stadt Onolzbach.

Über den Kirchenbau wird zuerst 1264 berichtet, als ein Nikolauskirchlein anlässlich des Pfarrhausbaues erwähnt wird. Hierüber wird im "Salbüchlein" berichtet, das 1436 und 1441 von den damaligen Pfarrern aufgeschrieben wurde. Daraus lässt sich auch entnehmen, dass 1307 und 1394 Chor und Dach erhöht wurden, dass 1432 ein Sakristeianbau erfolgte und darinnen ein Altar für die Heiligen Leonhard, Sixtus, Sebastian und Wenzel geweiht wurden. Im Jahr 1352 errichtete man einen Altar "Zu unserer lieben Frauen", der Maria, Johannes Evangelista und St. Ottilie geweiht war. Dieser war mit Reliquien versehen, besonders von St. Gumbertus, aber auch "de corpore Christi", Kaiser Heinrichs Heiligtum, und der "Elftausend Jungfrauen". Ein erneuter Altar wurde laut "Salbüchlein" 1423 als "Hauptaltar zu den Zwölf Aposteln" aufgestellt. Der heutige, einzige Altar im Chorraum ist ein wertvoller gotischer Flügelaltar, der auf einer gemalten Tafel die Jahreszahl 1520 erkennen lässt. Wohin die vorher erwähnten Altäre gekommen sind, ist unbekannt.